Nel 2015 la Commissione europea ha ricevuto una denuncia relativa ai continui supporti finanziari concessi illecitamente alla EMEF dalla propria società madre Comboios de Portugal (CP), operatore ferroviario controllato dallo Stato portoghese. Secondo la denuncia e le informazioni ricevute dal Portogallo, EMEF, la quale è in perdita dal 2005, ha ricevuto aiuti finanziari per un ammontare di 90 milioni di euro da parte di CP sotto forma di aumenti di capitale, prestiti e garanzie.

La Commissione teme che tali misure, non essendo concesse a condizioni di mercato, abbiano creato un vantaggio selettivo per EMEF ai danni dei propri concorrenti. Le regole UE in materia di aiuti di Stato permettono la concessione di aiuti pubblici alle società in difficoltà finanziarie solo a certe condizioni, ossia che la società sia sottoposta ad un valido piano di ristrutturazione, il quale gli permetta di ritornare alla reddittività nel lungo periodo senza l’ausilio di interventi statali e senza distorsioni della concorrenza nel mercato unico.

L’inizio di un’inchiesta approfondita permette alle terze parti interessate di presentare commenti relativi alle misure in esame.